謎の転校生・遊真は修に近界民であると告白。近界民の対抗組織「ボーダー」所属の修は、遊真を放っておけず、行動を共にする。そんな最中、突如学校にトリオン兵が出現。
トリオン兵を倒した遊真と修だが、ボーダーに遊真が近界民だと気づかれてしまう。そして…ボーダーの刺客が遊真を始末するべく、修達の前に現れてトリガーを起動する。
遊真はボーダーの精鋭部隊を追い払う事に成功したが、黒トリガーから父親を蘇らせることはできないと知り目的をなくす。そんな彼に修は千佳のためにチームを結成して、近界に遠征することを説得した。
修と千佳を助けるため、遠征部隊を目指すことになった遊真。そんな中、遊真の黒トリガー奪取を命じられたA級トップ部隊が出動。遊真を守るべく、S級隊員・迅が立ちふさがる。
迅の計らいにより、無事ボーダーに入隊する事ができた遊真。一方、修はNo.2アタッカーの風間に模擬戦を申し込まれ、戦うことに。桁違いの実力に圧倒される中、修はある賭けに出る。
25戦中1回だけ引き分けることができた修。その数日後、突如街中に門が開き、未知の新型トリオン兵と人型近界民が出現。街を守るため、修と遊真がトリガーを起動する。
戦況が二転三転する中、アフトクラトルの人型近界民・ヒュースとヴィザに千佳が狙われてしまう。そして、彼らの仲間・エネドラがボーダー本部に侵入して…。
ボーダーの精鋭部隊を倒したヴィザとヒュースを止めるべく、遊真と迅が乱入。黒トリガー同士の戦いが勃発する中、人型近界民側の隊長ハイレインが登場し、修と千佳に危機が迫る。
ボーダー基地内部に侵入したエネドラに辛勝した忍田達。一方、修はキューブ化されてしまった千佳を守るため、本部へ急ぐ。だが、ワープの能力を持つミラが修に迫り来る…。戦火が渦巻く中、ヴィザVS遊真、ハイレインVS三輪がそれぞれ対峙。はたして、修達の命運は如何に…!?
近界最大の軍事国家「アフトクラトル」による、大規模侵攻が終結した。ボーダーの機密事項だった近界遠征の話題でマスコミが騒ぐ中、B級ランク戦の新シーズンが開幕する。玉狛第2(三雲隊)を結成した修達は、A級昇格を目指すために実力者達と対決。はたして…21部隊が集うランク戦で、玉狛第2は勝利を掴めるのか…!?
全員狙撃手の荒船隊と中距離戦を得意とする諏訪隊に、辛くも勝利した玉狛第2。休憩する間もなく、遊真は個人ランク戦の会場でNo.4攻撃手・村上鋼と戦う事に…。はたして、ボーダー屈指の攻撃手に遊真は勝てるのか!?そして、B級ランク戦第3戦の那須隊、鈴鳴第一、玉狛第2の三つ巴の戦いが開幕する!!
白熱するB級ランク戦第3戦。東岸と西岸に分断された戦場で、3チームの各隊員たちがしのぎを削る…。それぞれの想いをトリガーに乗せた激戦の末、勝利をつかみ取るチームは一体…!?そして試合後、B級1位部隊を率いる、隊長・二宮が修たちの前に現れる――。
鈴鳴第一・那須隊との激闘を制するも、自らの実力不足を感じた修。レベルアップのため、修は射撃戦の専門家の下へ、千佳は合同狙撃訓練に、遊真は個人ランク戦に向かう。一週間後、B級2トップ二宮隊・影浦隊、B級7位東隊との四つ巴の戦いが開始。はたして、玉狛第2は、A級昇格への最大の関門を突破できるのか…!?
B級上位部隊とのランク戦で大敗を喫した、玉狛第2。戦力増強の必要性を感じた修は迅を部隊に引き込もうとするが、迅は自分より適任な者がいることを示唆。そのアドバイスをもとに修たちは強くなるための方法を模索する…。そして、次のランク戦が迫る中、新たな近界民がボーダー本部を襲撃するのであった!!
ガロプラの人型近界民がボーダー本部内に侵入!!さらに、基地外部にもトリオン兵の大群が襲来!!この危機にボーダー精鋭部隊が応戦する――!!そして、大戦に乗じて、玉狛支部で捕虜となっていたアフトクラトルの近界民・ヒュースも動き出す!!激流の如く動き出した運命の歯車、その結末とは…!?
ボーダー精鋭部隊の活躍により、ガロプラの人型近界民たちは一時撤退。予定通りB級ランク戦ROUND5が開幕した。修の「スパイダー」と千佳の「鉛弾」ライトニング、そして、それらを組み込んだ玉狛第2の新戦術が香取隊&柿崎隊に炸裂する!!
香取隊・柿崎隊とのランク戦は最終局面まで玉狛第2が戦況を支配し、7点の大量得点で決着!!これによりB級4位まで昇格した。しかし、A級に上がるためにはさらなる戦力増強が必要と考える修たち、ヒュースを玉狛第2に加入させるためボーダー本部との交渉戦に挑む!!
ヒュースの部隊加入を本部に承諾させた修たち。遠征部隊入りを目指し、次の試合に臨む。凄腕の旋空弧月使い、生駒。切れ者戦術家、王子。共にB級上位に名を連ねる2部隊を相手取り、玉狛第2は辛くも勝利を掴み取る。その頃入隊試験に臨んだヒュースは即座にB級へと昇格。攻撃手たちとの模擬戦で己の力量を図っていた。