謎の転校生・遊真は修に近界民であると告白。
近界民の対抗組織「ボーダー」所属の修は、
遊真を放っておけず、行動を共にする。 そんな最中、突如学校にトリオン兵が出現。
トリオン兵を倒した遊真と修だが、 ボーダーに遊真が近界民だと気づかれてしまう。 そして…ボーダーの刺客が遊真を始末するべく、 修達の前に現れてトリガーを起動する。
遊真はボーダーの精鋭部隊を追い払う事に成功したが、 黒トリガーから父親を蘇らせることはできないと知り 目的をなくす。そんな彼に修は千佳のためにチームを 結成して、近界に遠征することを説得した。
修と千佳を助けるため、遠征部隊を目指すことに なった遊真。そんな中、遊真の黒トリガー奪取を 命じられたA級トップ部隊が出動。 遊真を守るべく、S級隊員・迅が立ちふさがる。
迅の計らいにより、無事ボーダーに入隊する事が できた遊真。一方、修はNo.2アタッカーの風間に 模擬戦を申し込まれ、戦うことに。 桁違いの実力に圧倒される中、修はある賭けに出る。
25戦中1回だけ引き分けることができた修。 その数日後、突如街中に門が開き、 未知の新型トリオン兵と人型近界民が出現。 街を守るため、修と遊真がトリガーを起動する。
戦況が二転三転する中、アフトクラトルの 人型近界民・ヒュースとヴィザに千佳が 狙われてしまう。そして、彼らの仲間・エネドラが ボーダー本部に侵入して…。
ボーダーの精鋭部隊を倒したヴィザとヒュースを 止めるべく、遊真と迅が乱入。黒トリガー同士の 戦いが勃発する中、人型近界民側の隊長 ハイレインが登場し、修と千佳に危機が迫る。
ボーダー基地内部に侵入したエネドラに辛勝した 忍田達。一方、修はキューブ化されてしまった 千佳を守るため、本部へ急ぐ。 だが、ワープの能力を持つミラが修に迫り来る…。 戦火が渦巻く中、ヴィザVS遊真、ハイレインVS三輪が それぞれ対峙。はたして、修達の命運は如何に…!?
近界最大の軍事国家「アフトクラトル」による、大規模 侵攻が終結した。ボーダーの機密事項だった近界遠征の 話題でマスコミが騒ぐ中、B級ランク戦の新シーズンが 開幕する。玉狛第2(三雲隊)を結成した修達は、A級 昇格を目指すために実力者達と対決。はたして…21部隊 が集うランク戦で、玉狛第2は勝利を掴めるのか…!?
全員狙撃手の荒船隊と中距離戦を得意とする諏訪隊に、 辛くも勝利した玉狛第2。休憩する間もなく、遊真は 個人ランク戦の会場でNo.4攻撃手・村上鋼と戦う事に…。 はたして、ボーダー屈指の攻撃手に遊真は勝てるのか!? そして、B級ランク戦第3戦の那須隊、鈴鳴第一、玉狛 第2の三つ巴の戦いが開幕する!!
白熱するB級ランク戦第3戦。東岸と西岸に分断された 戦場で、3チームの各隊員たちがしのぎを削る…。 それぞれの想いをトリガーに乗せた激戦の末、勝利を つかみ取るチームは一体…!?そして試合後、B級1位 部隊を率いる、隊長・二宮が修たちの前に現れる――。
鈴鳴第一・那須隊との激闘を制するも、自らの実力不足 を感じた修。レベルアップのため、修は射撃戦の専門家 の下へ、千佳は合同狙撃訓練に、遊真は個人ランク戦に 向かう。一週間後、B級2トップ二宮隊・影浦隊、B級 7位東隊との四つ巴の戦いが開始。はたして、玉狛第2 は、A級昇格への最大の関門を突破できるのか…!?
B級上位部隊とのランク戦で大敗を喫した、玉狛第2。 戦力増強の必要性を感じた修は迅を部隊に引き込もうと するが、迅は自分より適任な者がいることを示唆。その アドバイスをもとに修たちは強くなるための方法を模索 する…。そして、次のランク戦が迫る中、新たな近界民 がボーダー本部を襲撃するのであった!!
ガロプラの人型近界民がボーダー本部内に侵入!!さらに、 基地外部にもトリオン兵の大群が襲来!!この危機にボー ダー精鋭部隊が応戦する――!!そして、大戦に乗じて、 玉狛支部で捕虜となっていたアフトクラトルの近界民・ ヒュースも動き出す!!激流の如く動き出した運命の歯車、 その結末とは…!?